Nguyễn Hữu Huân (chữ Hán 阮友勳, 1830-1875) là một sĩ phu yêu nước và là một lãnh tụ khởi nghĩa chống thực dân Pháp ở Nam Kỳ (Việt Nam) vào nửa cuối thế kỷ 19. Ông được biết nhiều qua biệt danh Thủ khoa Huân.
Nguyễn Hữu Huân là người làng Tịnh Hà, huyện Kiến Hòa, tỉnh Định Tường; về sau đổi thành là xã Mỹ Tịnh An thuộc huyện Chợ Gạo, tỉnh Mỹ Tho (nay là tỉnh Tiền Giang).
Thuở nhỏ ông thông minh và học giỏi. Tương truyền, năm Nhâm Tý (1852) dưới triều Tự Đức, ông dự thi Hương và đỗ đầu (thủ khoa), nên được gọi là Thủ khoa Huân. Sau đó, ông được bổ nhiệm và dần trải đến chức Giáo thụ phủ Kiến An.
Khi quân Pháp xâm lược ba tỉnh miền Đông Nam Kỳ (trong đó có tỉnh Định Tường quê ông), cũng giống như nhiều nhà nho yêu nước khác, ông đã cầm vũ khí đứng lên chống Pháp vào tháng 5 năm 1859, và được cử giữ chức Phó quản đạo.
Năm 1861, ông cùng nghĩa quân hoạt động trên địa bàn từ Tân An đến Mỹ Tho. Khoảng tháng 6 năm 1862, Nguyễn Hữu Huân đem nghĩa quân gia nhập lực lượng Trương Định.
Ngày 5 tháng 2 năm 1863, quân Pháp tấn công vào căn cứ Tân Hòa (Gò Công). Căn cứ thất thủ, Trương Định kéo quân về vùng Lý Nhơn (nay thuộc huyện Cần Giờ, thành phố Hồ Chí Minh). Khi ấy, Nguyễn Hữu Huân về khởi nghĩa ở Bình Cách (Tân An), trực tiếp lãnh đạo lực lượng nghĩa quân ở Định Tường. Quân Pháp tấn công Bình Cách, Nguyễn Hữu Huân phải rút quân về Thuộc Nhiêu (nay thuộc Cai Lậy, Tiền Giang),
Tháng 6 năm 1863, lúc ban đêm Pháp bất ngờ đem quân càn quét căn cứ Thuộc Nhiêu. Đến đến cuối năm đó, thì ông rút quân đến An Giang gặp Võ Duy Dương (còn gọi là Thiên hộ Dương). Đầu năm sau (1864), ông cùng thủ lĩnh Dương chiêu mộ nghĩa binh để khởi nghĩa lần thứ hai.
Nguyễn Hữu Huân cho chuyển quân về vùng Thất Sơn, An Giang tiếp tục chiến đấu. Bộ chỉ huy quân đội Pháp rất lo ngại nên gửi tối hậu thư, buộc Tổng đốc An Giang là Phan Khắc Thận phải giao nộp Thủ Khoa Huân cho họ làm tội, viện lẽ ông này không tuân theo Hòa ước Nhâm Tuất (1862).
Giáo sư Nguyễn Văn Hầu chép:
Sau khi Đô đốc Nam Kỳ là De La Grandière biết tin Thủ khoa Huân lẫn trốn ở Thất Sơn, viên sĩ quan Pháp này buộc Tổng đốc An Giang phải bắt ông Huân, giao cho họ làm tội. Tổng đốc An Giang không thuận. Tức thời, Doudart de Lagrée được lệnh đem 500 quân cùng đại bác từ Oudong (Campuchia) xuống huy hiếp thành An Giang. Trước áp lực đó, Tổng đốc An Giang đành nhượng bộ. Nghe tin ông bị bắt, vợ là Lê Thị Lộc đã đến An Giang để đưa đơn xin tha cho chồng nhưng không kịp. Bị giải đến Sài Gòn, mặc dù thực dân Pháp đem mọi thứ ra dụ hàng nhưng Thủ khoa Huân vẫn kiên quyết chối từ. Cuối cùng, vào ngày 22 tháng 8 năm 1864, ông bị kết án 10 năm tù khổ sai và bị đày đi Cayenne, là một thuộc địa của Pháp ở Nam Mỹ.
Sau 5 năm tù, ngày 4 tháng 2 năm 1869, Pháp cho lệnh ân xá và đưa ông về quản thúc tại nhà Tổng đốc Đỗ Hữu Phương, đồng thời cử ông làm giáo thọ dạy bảo cho các "sinh đồ" ở Chợ Lớn với hy vọng lôi kéo ông về phía họ.
Lợi dụng điều kiện đi dạy học, Nguyễn Hữu Huân liên lạc với các sĩ phu yêu nước và hội kín Hoa kiều Trường Phát, nhờ mua vũ khí để chuẩn bị khởi nghĩa. Trong khi cuộc khởi nghĩa đang được chuẩn bị khẩn trương, nhờ do thám nên Pháp bắt được thuyền chở vũ khí. Trước tình hình bất lợi đó, ông ra lệnh giải tán, bí mật trốn khỏi nhà Tổng đốc Phương tìm đường về lại Mỹ Tho họp cùng Âu Dương Lân tiến hành khởi nghĩa lần thứ ba (1872). Lần này dân chúng theo Nguyễn Hữu Huân rất đông, trong số đó có cả một số hương chức, hội tề, địa chủ... Địa bàn kháng chiến của ông kéo dài từ Mỹ Tho đến Mỹ Quý - Cai Lậy.
Cuối năm 1874, quân Pháp có Trần Bá Lộc, Đỗ Hữu Phương đánh vào căn cứ ở Bình Cách. Cản ngăn không nổi, nghĩa quân bỏ chạy tán loạn. Nguyễn Hữu Huân thoát được về Chợ Gạo, đến khoảng tháng 3 năm sau, ông trở lại vùng Tân An để tập hợp lại lực lượng, thì bị bắt vì bị chỉ điểm.
Nhà cầm quyền Pháp (Tỉnh trưởng Mỹ Tho de Gailland: 1873 - 1875)) ra lệnh bắt giam Nguyễn Hữu Huân ở Mỹ Tho. Sau khi chiêu hàng không thành, họ kết án tử hình ông. Trước khi thụ hình, ông nhắn vợ con tế sống mình và gửi vải vào cho ông đề thơ và câu liễn (Liễn tuyệt mệnh) thờ.
Ngày 15 tháng 4 năm Ất Hợi (tức 19 tháng 5 năm 1875), người Pháp cho tàu chở Nguyễn Hữu Huân xuôi theo dòng Bảo Định về Mỹ Tịnh An và hành quyết ông lúc 12 giờ trưa.